Les juifs accusés d'être les responsables de la Grande peste
Une violente épidémie de peste bubonique (peste noire) ravage l'Europe entre mars 1348 et le printemps 1351, emportant près du tiers de la population. Selon une estimation haute, c'est même 50% de la population de l'Allemagne qui aurait péri. Provenant de l'Asie centrale via le sud de la Russie, elle est apportée en Italie par des marins de Gênes. Courant mars et avril 1348, elle se répand en Italie, en Espagne et dans le sud de la France. Fin mai, elle atteint le sud-ouest de l'Angleterre. Bien que les Juifs souffrent de la peste autant que leurs voisins chrétiens, un mythe se crée, principalement en Allemagne, que l'expansion de la maladie est due à un complot des Juifs pour anéantir les Chrétiens, en empoisonnant les puits d'eau potable.
Les Juifs, suspectés par la population d’empoisonner les puits, furent persécutés, en dépit de la protection accordée par le pape Clément VI dans toute l’Europe.
Quand la peste atteint Chillon sur le Lac Léman, les Juifs de la ville sont arrêtés et torturés. Ils auraient préparé un poison composé de cœurs de Chrétiens, d'araignées, de grenouilles, de lézards, de chairs humaines et d'hosties consacrées, et auraient distribué la poudre faite à partir de cette concoction afin de la jeter dans les puits utilisés par les Chrétiens pour puiser l'eau potable.
Pendant ce temps, le rapport sur les prétendues confessions parvient à Bâle, Cologne, et Strasbourg. Le maire de Strasbourg refuse de croire aux rumeurs et déclare son intention de protéger le Juifs de la ville. Il est aussitôt démis de son poste et le 14 février 1349, plus de 2 000 Juifs périssent sur un bûcher. Les biens des Juifs sont alors pillés et répartis entre les bourgeois de la ville, l'évêché et la municipalité. Cette dernière garantit l'impunité à ses citoyens ayant participé aux massacres.
La peste marqua également les arts : voir en particulier les danses macabres et l'œuvre de Boccace le Décaméron.